La biodiversité y est exceptionnelle. Les plongées en dérive se font le long de très beaux tombants recouverts de coraux et de gorgones multicolores. La faune récifale est très dense. Dans les fonds sablonneux se cachent de magnifiques créatures minuscules qui raviront les amateurs de macro et de muck-dive, en particulier dans les environs de Ambon. Sans compter la probabilité de rencontrer régulièrement du gros en observant le large : chacun y trouvera son bonheur. Que ce soit des nudibranches, des serpents de mer, des perroquets à bosse, des raies, différentes espèces de tortues, des requins, des dauphins ou même des baleines, on peut y voir de tout.

Quelques sites sont exposés aux courants et il est conseillé d’avoir un peu d’expérience mais dans l’ensemble, la plongée dans les Moluques est tranquille et accessible à tous les niveaux. Durant la saison sèche, la visibilité est en général assez bonne à part parfois sur certains sites à proximité des volcans.