Celui qui plonge à Yap réalisera rapidement pourquoi les îles sont si renommées. C’est ici qu’on trouve une des plus grandes colonies de raies manta au monde, surtout de décembre à avril, lors de la période de reproduction. Et comme si ce n’était pas assez, les requins à pointes blanches, à pointes noires de même que les requins gris de récif évoluent à l’intérieur et autour des passes. À la pointe Sud de Yap, on n’est pas à l’abri d’une surprise : on y a déjà observé un requin longimane, un poisson-lune et même des orques.

Les jardins de coraux très sains de la côte est et les tombants étonnants de la côte ouest apportent beaucoup de diversité. On compte plus de 200 sortes de coraux différents sur les récifs de Yap. La vie sous-marine est très riche et variée, on y découvre des poissons-mandarins brillamment colorés, des poissons-fantômes, des poissons-grenouilles, des nudibranches mais aussi des barracudas, des poissons-perroquets à bosse ou encore des raies-aigles ou pastenagues et des tortues.
La plongée à Yap est possible toute l’année et adaptée à tous les niveaux de plongeurs. La visibilité est excellente.