Les eaux de Basse-Californie, du fait de leur richesse en nutriment n’abritent pas loin de 33 espèces de cétacés et 900 espèces de poissons dont 77 endémiques. Un paradis pour la plongée. On pourra y rencontrer différentes sortes de dauphins, de baleines dont la baleine bleue et la baleine à bosse, des raies et des requins sans oublier les célèbres otaries de Los Islotes et les énormes bancs de poissons. Une diversité de faune aquatique absolument exceptionnelle. Cependant, les coraux sont pratiquement inexistants.
Les plongées en mer de Cortez s’effectuent soit lors d’une croisière plongée qui permettra de visiter des sites plus éloignés et moins fréquentés ou depuis un bateau lors de sorties au départ de différentes localités telles que La Paz ou Cabo Pulmo. Les sites étant assez éloignés, les excursions sont en général journalières et comportent plusieurs plongées.

La visibilité plus réduite à certaines périodes favorise les rencontres avec la faune pélagique. La mer de Cortez n’est pas seulement une destination pour des plongeurs de tous niveaux mais il est également possible à bien des endroits de découvrir son monde sous-marin en PMT.